En los últimos años, algunas controversias han aparecido alrededor del entrenamiento funcional. Los gurus del entrenamiento funcional muestran un claro mensaje:
«Los entrenamientos funcionales tienen y deben basarse en ejercicios multiarticulares»

Sin embargo, algunos entrenadores de entrenamiento funcional, en los inicios del entrenamiento suelen ser muy «no funcionales» (ejercicios individuales de un solo músculo).
La razón principal detrás de esta aparente contradicción es simple. Las funciones varían de articulación en articulación. Los ejercicios que promueven la función de las articulaciones que requieren estabilización son diferentes de los ejercicios que promueven la función de las articulaciones que promueven movilidad corporal. Es decir, la función primaria de ciertos músculos es la estabilización. El entrenamiento funcional para aquellos músculos involucra entrenarlos para ser mejores estabilizadores, normalmente realizando ejercicios simples de rango reducido.

En todo caso, en el esfuerzo de hacer todo funcional se termina haciendo el entrenamiento perjudicial al olvidar la función estabilizadora de ciertos grupos musculares.

Los 3 grupos claves que se necesitan entrenar para mejorar su función estabilizadora son:
Los abdominales
Los aductores y rotadores de la cadera
Estabilizadores de la escapula

La clave para desarrollar un real programa de entrenamiento funcional es desarrollar de forma homogénea todas las capacidades del cuerpo sin avanzar demasiado lejos en alguna en particular.

Para comprender el concepto de entrenamiento funcional debemos comenzar a pensar cómo y porqué los atletas se mueven en su deporte. La clave es diseñar un programa de entrenamiento que realmente prepare atletas para su deporte. Esto sólo puede ser realizado con el uso de ejercicios que entrenen movimientos y músculos en la misma manera que son requeridos y utilizados para la actividad deportiva, es decir, Entrenamiento Funcional.